وصل الأسطول الفرنسي غرب الإسكندرية عند أبو قير في أول يوليو 1798، وبادر بإنزال قواته ليلاً على البر ثم سير جيشاً إلى الإسكندرية، وأنزلت المراكب الحربية الفرنسية، ونجحت في احتلال المدينة في 2 يوليو 1798م بعد مقاومة من جانب أهلها وحاكمها السيد محمد كريم دامت ساعات وظل يتقهقر ثم اعتصم بقلعة قايتباى ومعه مجموعة من المقاتلين، وأخيراً أستسلم وكف عن القتال، ولم يكن بدمن التسليم ودخل نابليون المدينة، وأعلن بها الأمان. وفى 6 سبتمبر 1798 اصدر نابليون بونابرت أمرا بتنفيذ عقوبة الإعدام في السيد محمد كريم “بميدان الرميلة” في القاهرة. ووجّه نابليون في اليوم ذاته نداءً إلى الشعب المصري، وأصدرت الحملة نداء إلى الشعب بالهدوء والتعاون وأن نابليون قد اعتنق الإسلام وأصبح صديق وحامي الإسلام. وراح نابليون يذيع منشورا على أهالي مصر تحدث فيه عن سبب قدومه لغزو بلادهم وهو تخليص مصر من طغيان البكوات المماليك الذين يتسلطون في البلاد المصرية، وأكد في منشوره على احترامه للإسلام والمسلمين، وبدأ المنشور بالشهادتين وحرص على إظهار إسلامه وإسلام جنده، وشرع يسوق الأدلة والبراهين على صحة دعواه، وأن الفرنساوية هم أيضا مسلمون مخلصون، فقال: “إنهم قد نزلوا روما وخربوا فيها كرسي البابا الذي كان دائما يحث المسيحيين على محاربة المسلمين”، وأنهم قد قصدوا مالطة وطردوا منها فرسان القديس يوحنا الذين كانوا يعتقدون أن الله يطلب منهم مقاتلة المسلمين
وبهذا يكون قد استولى نابليون على أغنى إقليم في الدولة العثمانية وطبقاً للبروباجندا الحربية ادعى أنه “صديقاً للسلطان العثماني” وادعى أيضا أنه قدم إلى مصر “للاقتصاص من المماليك” لا غير، باعتبارهم أعداء السلطان، وأعداء الشعب المصري وهذه رسالة نابليون بونابرت الذي دعاه المؤرخين المسلمين الجنرال علي إلى شعب مصر:
” بسم الله الرحمن الرحيم، لا اله الا الله وحده ولا شريك له في ملكه…
ايها المشايخ والأئمة…قولوا لأمتكم ان الفرنساوية هم أيضاً مسلمون مخلصون وإثبات ذلك انهم قد نزلوا في روما الكبرى وخرّبوا فيها كرسي البابا الذي كان دائماً يحّث النصارى على محاربة الإسلام، ثم قصدوا جزيرة مالطا وطردوا منها الكوالليرية الذين كانوا يزعمون ان الله يطلب منهم مقاتلة المسلمين، ومع ذلك فإن الفرنساوية في كل وقت من الأوقات صاروا محبين مخلصين لحضرة السلطان العثماني..أدام الله ملكه…أدام الله إجلال السلطان العثماني أدام الله إجلال العسكر الفرنساوي لعن الله المماليك وأصلح حال الأمة المصرية .
وأدرك نابليون قيمة الروابط التاريخية الدينية التي تجمع بين المصريين والعثمانيين تحت لواء الخلافة الإسلامية فحرص ألا يبدو في صورة المعتدي على حقوق السلطان العثماني فعمل على إقناع المصريين بأن الفرنسيين هم أصدقاء السلطان العثماني، غير أن هذه السياسة المخادعة التي أراد نابليون أن يخدع بها المصريين ويكرس احتلاله للبلاد فلم ينخدعوا بها وقاوموا الاحتلال حتي تم خروج الفرنسيين من مصر .
